获悉某药品公司在进行非法的人体实验的神秘特务少女，未来。
未来一人为了潜入调查而前往了药品公司。不过却在药品公司的地下研究所因大意而被逮住。
地下研究所在秘密地进行着使用了特殊机械的人体调教研究，而被捕获的未来，将被迫成为实验对象。
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《特务少女未来》故事以女主角「未来」被囚禁作为开头，最初为调查附近居民丧失记忆的奇异事件，未来锁定潜入某个制药公司的地下实验设施，但宛如漫才的搞笑发展，未来一下来就被发现，并与警卫们展开战斗。
